EPISODE IV : SỰ KHÁNG CỰ
Sau cái chết của Overmind, các Cerebrate còn lại trên Aiur rơi vào tình trạng không kiểm soát. Chúng xua quân lang thang khắp nơi và tấn công mọi thứ gặp được trên đường đi. Trong khi đó, Liên quân Protoss và Terran bị tổn thất rất lớn sau trận đánh với Overmind nên không còn đủ sức để quét sạch bầy Zerg này. Đơn vị lãnh đạo của Aiur là Conclave cũng hy sinh gần hết, chỉ còn lại Aldaris và một người vừa được phong làm chỉ huy của binh đoàn Templar: tướng Artanis
Sau khi đánh giá tình hình, Zeratul đề nghị mọi người rúi lui khỏi Aiur và đến Shakuras, nơi định cư của chủng tộc Dark Templar, thông qua một cánh cổng bí mật nối liền giữa hai hành tinh. Tuy nhiên khi họ tìm thấy cánh cổng thì nó đã bị quân Zerg phong tỏa xung quanh. Fenix,Jim Raynor quyết định bảo vệ cổng cho Aldaris, Artanis, Zeratul qua trước, còn họ sẽ đi sau.
Ngay lúc họ đến được Shakuras, một toán quân Zerg ập đến. Fenix và Raynor bị đẩy ra xa khỏi cánh cổng và không thể liên lạc được với những bạn đồng đội của mình. Quân Zerg chui qua cánh cổng và tràn vào Shakuras mỗi lúc một nhiều. Fenix và Raynor quyết định đánh sập cổng để ngăn loài Zerg lại, dù biết rằng mình sẽ phải bỏ xác tại Aiur.
Được sư hỗ trợ của những người Dark Templar trên Shakuras, nhóm Zeratul định quay lại Aiur để cứu Fexix và Raynor, nhưng họ không thể trở về được vì cổng bên kia đã bị sập xuống. Lúc này loài Zerg cũng đã theo cánh cổng tràn vào Shakuras, Zeratul buộc phải rút quân về căn cứ chính để có kế hoạch đối phó với tình huống không lường trước này.
Thủ lĩnh của Shakuras là Raszagal thông báo rằng cuộc rút lui của nhóm Zeratul đã bị lộ, Shakuras giờ đây không còn là nơi an toàn nữa và quân Zerg chắc chắn sẽ tấn công hành tinh này. Raszagal tiết lộ cho mọi người biết tại đây cũng có một cơ cấu phòng thủ giống Aiur, nghĩa là cũng có một ngôi đền Xel’Naga với nguồn năng lượng khổng lồ bên dưới. Để phát động cơ cấu này cần phải có hai viên pha lê Uraj và Khalis, tuy nhiên cả hai đều thất lạc nhiều năm trước, và họ phải tìm lại chúng nếu muốn giải phóng Shakuras.
Lúc này bầy Zerg tại hành tinh Char đã biết về cái chết của Overmind. Daggoth - một trong những Cerebrate được sinh ra đầu tiên – tìm cách tái sinh lại Overmind. Dưới lệnh của nó, các Cerebrate còn lại trên Char kết hợp lại với nhau để tạo thành một Overmind mới. Kerrigan không muốn cho kế hoạch của Daggoth thành công, bởi lẽ cô ta đang có ý định thâu tóm quyền lực của loài Zerg vào tay mình. Nhân lúc Overmind mới chưa có đầy đủ quyền năng, Kerrigan bí mật đổ bộ xuống Shakuras và thông báo tình hình tại Char cho thủ lĩnh Raszagal biết. Kerrigan đề nghị một sự hợp tác: Raszagal sẽ tiêu diệt Overmind mới, đổi lại cô ta sẽ trợ giúp họ tìm hai viên pha lê Uraj và Khalis. Kerrigan giải thích rằng cô ta chỉ muốn thoát khỏi sự thống trị của Overmind, chứ bản thân cô ta không có ý định gây chiến với các chủng tộc khác.
Aldaris kịch liệt phản đối sự hợp tác này bởi cho rằng Kerrigan không đáng tin cậy. Nhưng Raszagal lại tin tưởng vào Kerrigan và yêu cầu mọi nguời hỗ trợ Kerrigan tìm viên pha lê Uraj tại hành tinh Braxis. Hành tinh này trước đây là của người Protoss, nhưng nó đã bị bỏ hoang sau những cuộc xung đột giữa hai chủng tộc Templar và Dark Templar. Braxis hiện đang là nơi khai thác tài nguyên của những người Terran thuộc nhóm UED (United Earth Directorate), một lực lượng mới đến từ Trái Đất.
Dưới sự yểm trợ của Zeratul và Artanis, Kerrigan nhanh chóng tìm thấy viên pha lê Uraj. Trong lúc nhóm Zeratul chuẩn bị rời khỏi Braxis thì họ bị lực lượng UED bao vây. Chỉ huy trưởng của phi thuyền Aleksander là đô đốc Alexei Stukov yêu cầu mọi người hạ vũ khí vì đã xâm phạm vào lãnh thổ của UED. Đáp lại lời kêu gọi đó, Zeratul và Artanis phá hủy các thiết bị phòng không của UED rồi dùng phi thuyền tẩu thoát khỏi Braxis.
Viên pha lê Khalis lại nằm ở một nơi đầy nguy hiểm với người Protoss: hành tinh Char của loài Zerg. Được sự giúp đỡ của Kerrigan, nhóm Zeratul hạ cánh an toàn xuống Char và bí mật thực hiện kế hoạch thu hồi viên pha lê Khalis, hiện tại đang nằm trong khu vực kiểm soát của Overmind mới. Theo đề nghị của Artanis, họ quyết định tập kích vào Overmind để gây sự chú ý của quân Zerg, nếu có thể tiêu diệt được nó thì càng tốt. Trong lúc lộn xộn, Kerrigan ra tay đánh cắp viên pha lê và quay lại Shakuras cùng với nhóm của Zeratul, để lại phía sau một Overmind bị thương khá nặng sau trận tập kích.
Tại Shakuras, Zeratul được thủ lãnh Raszagal thông báo tin dữ: Aldaris cho rằng mình đã sai lầm khi rời bỏ Aiur và kết giao với những người Dark Templar, vì vậy đã kích động các thuộc hạ nổi loạn để giành quyền lãnh đạo Shakuras. Raszagal yêu cầu bộ ba Zeratul, Artanis tiêu diệt kẻ phản loạn này ngay lập tức để còn rảnh tay đối phó với loài Zerg. Zeratul ngầm cảm thấy có sự bất ổn trong hành vi của vị thủ lãnh Shakuras, bởi lẽ Raszagal từ trước đến nay luôn rất khôn ngoan và hiền từ. Nhưng anh ta không dám tỏ ý phản đối người thủ lãnh đáng kính của mình và cùng với Artanis dàn quân tấn công Aldaris.
Thêm một cuộc chiến huynh đệ tương tàn giữa những người Protoss. Aldaris sử dụng đến khả năng đặc biệt của chủng tộc Templar: Các Templar kết hợp lại thành các đơn vị Archons với sức mạnh tấn công vượt trội hơn hẳn bình thường. Zeratul cũng đáp trả bằng năng lực đặc biệt của người Dark Templar: Họ hợp thành những đơn vị Dark Archons có khả năng sử dụng nguồn năng luợng bóng tối để làm tê liệt đối phương.
Zeratul đánh bại Aldaris, anh ta yêu cầu Aldaris hợp sức với mình và Kerrigan cùng chống lại bầy Zerg của Overmind. Aldaris khước từ và tuyên bố rằng việc hợp tác với Kerrigan sẽ khiến cho người Protoss vĩnh viễn bị loài Zerg thôn tính. Dường như Aldaris có biết một bí mật gì đó về Kerrigan, nhưng anh ta chưa kịp tiết lộ với Zeratul thì bất ngờ bị Kerrigan giết chết. Zeratul hết sức phẫn nộ và đuổi Kerrigan ra khỏi Shakuras ngay lập tức, chấm dứt mọi sự hợp tác giữa hai bên. Diễn biến này đã phá hỏng kế hoạch của Kerrigan, bởi lẽ Zeratul đã lấy được hai viên pha lê mà Overmind thì chưa bị tiêu diệt. Nhưng Kerrigan vẫn không nao núng, cô ta vốn đã sớm có phương án khác để tiêu diệt Overmind mà không cần phải hợp tác với Zeratul nữa. Kerigan quay về Char và bắt tay vào thực hiện một kế hoạch mới, lần này là nhắm đến những người Terran.
Zeratul nhận thấy rằng mình và các bạn đã bị Kerrigan lợi dụng, nhưng bây giờ không phải là lúc tìm hiểu điều đó. Cần phải giải phóng Shakuras khỏi bầy Zerg đang ngày đêm quấy nhiễu khắp nơi. Hai viên pha lê Uraj và Khalis được mang vào ngôi đền Xel’Naga, trong khi Executor bảo vệ bên ngoài không để cho quân Zerg xâm nhập ngôi đền. Đúng lúc quân Zerg ồ ạt tràn đến, Executor rút quân vào trong đền để Zeratul và Artanis cùng phát động cơ quan. Một nguồn năng lượng khổng lổ được giải phóng và quét sạch quân Zerg, trả lại sự thanh bình cho hành tinh Shakuras.
